پایین بودن نسبت مالیاتی (نسبت مالیات به تولید ناخالص ملی) و سهم اندک آن در درآمد دولت زمینه اصلاح قوانین مالیاتهای مستقیم و غیرمستقیم را به منظور افزایش درآمدهای مالیاتی به وجود آورد. لایحه تقدیمی مالیات بر ارزش افزوده به مجلس شورای اسلامی پیامد منطقی چنین فرآیندی است. نکته اساسی آنکه تجربه ای در مورد اجرای مالیات بر ارزش افزوده در کشور وجود نداشته و آگاهی مردم از سیاست مالی جدید در سطح پایینی قرار دارد. در این مقاله ابتدا مروری بر این لایحه و قوانین امور گمرکی مربوط خواهیم داشت و سپس با توجه به رویه‌های گمرکی نظیر صادرات و واردات کالاهای همراه مسافر و تجارت چمدانی و نظایر آنها به نحوه عملکرد گمرک و چگونگی عملیات امور گمرکی در ارتباط با مالیات بر ارزش افزوده خواهیم پرداخت. با توجه به مشخص نبودن رابطه واحد سازمانی مالیات بر ارزش افزوده و گمرک، به تعامل و همکاری و انسجام وظایف، تبادل اطلاعات و کنترل و راهبری از سوی هر دو سازمان یادشده و تأثیر آن بر سرعت بخشیدن و کارایی اجرای آن با در نظر گرفتن وظایف اداری آنان پرداخته خواهد شد.