در نظام بودجه‌ریزی متداول در مؤسسه‌های آموزش عالی، بودجه بر اساس عوامل متعددی نظیر تعداد دانشجویان، اعضای هیئت علمی، کادر ستادی تعیین می‌شود، یعنی تخصیص هزینه‌ها بر اساس یک معیار حجمی انجام می‌شود و هیچ‌گونه تفکیکی بین انواع هزینه‌های دانشجویان رشته‌های مختلف تحصیلی صورت نمی‌گیرد. همچنین میزان هزینه‌های فعالیتها برای تمامی دروس یکسان در نظر گرفته می‌شود. این در حالی است که هزینه برخی دروس توسط منابع مازاد حاصل از ارائه دروس دیگر پوشش داده می‌شود. از سوی دیگر، به استناد ماده 49 قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی کشور که اعتبارات هزینه‌ای دانشگاهها و مؤسسه‌های آموزش عالی دولتی بر اساس قیمت تمام شده به آنها اختصاص خواهد یافت و با توجه به توسعه همه‌جانبه مؤسسه‌های آموزش عالی در کشور، نیاز به بهبود شیوه‌های کنترل و مدیریت منابع مالی در آن توجه بیشتری را نسبت به قبل طلب می‌کند، این امر می‌تواند موجب تمرکز بیشتر دانشگاهها به مقوله کارایی و اثربخشی منابع مالی شود. تنها راه تحقق این اهداف، استقرار نظام بودجه‌ریزی عملیاتی در مؤسسه‌های آموزش عالی است. ویژگی و وجه تمایز این نظام از نظام بودجه‌ریزی موجود، تأکید روی اهداف، نتایج و محصول هر یک از اقلام هزینه‌ای و افزایش قدرت پاسخگویی دانشگاههاست. با این توصیف، نوشتار حاضر سعی دارد مراحل اجرایی استقرار نظام بودجه‌ریزی عملیاتی در مؤسسه‌های آموزش عالی را تشریح کند.