نظام کنونی پرداخت یارانه حامل‌های انرژی، چالش‌های اساسی مانند: کاهش اثربخشی در اثر پرداخت همگانی، بهره‌وری پایین انرژی، افزایش بی‌رویه مصرف و فشار بر بودجه دولت و ایجاد فضای گلخانه‌ای برای بنگاه‌های تولیدی را در اقتصاد ایران به وجود آورده است. تداوم این سیاست به شکل کنونی، مانع اجرای درست سیاست‌های کلی اصل 44 قانون اساسی و دستیابی به اهداف کلان اسناد بالادستی (مانند سند چشم‌انداز بیست ساله کشور) خواهد شد. براین اساس، بازنگری اجرای سیاست پرداخت یارانه موضوعی ضروری است. بررسی تجربه کشورهای منتخب در زمینه اصلاح قیمت حامل‌های انرژی نشان‌دهنده منافع خالص مثبت در میان‌مدت و بلندمدت است. براین اساس، پیشنهاد شده تا مجموعه اقدامات لازم برای هدفمندکردن یارانه حامل‌های انرژی، انجام شود. علاوه بر این، لازم است تا مجموعه ای از سیاست‌های مکمل برای به حداقل رساندن تبعات منفی زودگذر این اقدام اتخاذ شود تا کشور (در میان‌مدت و بلندمدت) از مزایای بسیار آن مانند: افزایش کارایی نظام اقتصادی و رشد اقتصادی، افزایش شفافیت، ارتقای عدالت اجتماعی و بهبود شاخص‌های زیست‌محیطی بهره‌مند شود.